Software Features
Client/Server-Architektur
Die Client-/Server-Architektur ermöglicht es verteilten Arbeitsgruppen, über Intra- oder Internet zusammenzuarbeiten. Mehrere Benutzer können von verschiedenen Computern aus auf die Daten zugreifen. Zugriffsrechte und Privilegien können konfiguriert werden, um den Zugriff für bestimmte Benutzer einzuschränken.
DNA-Re-Sequenzierungseditor
Montage von Rohdaten (FASTQ) unter Verwendung von SKESA, Velvet, SPAdes, Flye, Raven, BWA. Lesen und Analysieren von Montagedateien (FASTA, GB, BAM, ACE). Kontrolle auf interspezifische Kontamination mit Mash Screen. Bearbeiten und Analysieren von Sanger-DNA-Sequenzdaten.
Editor für NGS-Daten
Pipeline für automatisierte Sequenzanalyse. Definition und Start einer Pipeline zum Trimmen nach Qualität, Downsampling, Montage, Analyse und Typisierung von Hunderten von NGS-Daten gleichzeitig automatisch; z. B. durch Abrufen von Rohdaten vom Benchtop-Sequenzer, sobald die Daten generiert sind. Automatische Kontrolle der Datenqualität und des Adapterinhalts von Lesedaten. Definition von Qualitätskriterien (z. B. % guter cgMLST-Ziele) für den Erfolg der Proben. Die korrekte Handhabung wiederholter Proben ist in die Pipeline integriert.
Charakterisierung von Bakterien
Automatische Typerstellung von Bakterien mit benutzerdefinierten QC-Parametern (z. B. Abdeckung oder Frameshift). Genomweite Allel- und SNP-Aufrufe aus WGS-Daten entweder auf der Ebene des Kerngenoms und/oder des Accessory-Genoms implementiert. Verwenden Sie öffentliche Schemata für die Genotypisierung oder definieren Sie diese mithilfe des integrierten cgMLST Target Definer. Verwenden Sie den NCBI AMRFinder zur Resistenzvorhersage. Salmonella, SISTR, E. coli, L. monocytogenes Genoserotypisierung. MOB-suite MobileElementFinder Plasmidrekonstruktion und -charakterisierung.
Minimal spannender Baum
Datenbank
Speichern, suchen, abrufen, exportieren und Berichte aus Experiment-, epidemiologischen und DNA-Sequenzdaten speichern, die in einer integrierten Datenbank gespeichert sind. Die Datenfelder entsprechen den Metadatenanforderungen des EBI European Nucleotide Archive (ENA). Vergleichen Sie neue Sequenzeinträge mit gespeicherten Daten. Erhalten Sie automatisch klonale und / oder Plasmid-Übertragungsalarme möglicher Ausbrüche. Verwalten und sichern Sie alle Daten (Sequenz- und Epi-Daten). Laden Sie vollständige/Entwurfs-Genome von NCBI Genome oder NCBI SRA-Rohdaten herunter. Senden Sie mit nur einem Klick Rohdaten- und Epi-Daten an EBI ENA.
Editor für Datenbankfelder
Analysetools
Visualisieren Sie Orts-, Zeit-, 'Personen-' und Typdimensionen in einer Vergleichstabelle mit integrierter GIS-, Epi-Kurven- und phylogenetischer Baumfunktionalität (unter anderem wird der Minimal spannende Baumalgorithmus unterstützt). Alle Dimensionsansichten sind miteinander verknüpft und exportierbar im Format für die Publikationsqualität (SVG und EMF). Speichern Sie die Baumfärbung, Topologie und Auswahl von Proben in einem Vergleichstabellensnapshot. Suchen Sie nach gruppen-spezifischen SNPs, z. B. zur Entwicklung von PCR-Screening-Assays für ausbruchsspezifische Stamme Microbiol Spectr. : e0303622, 2022 [PubMed]. Visualisieren und vergleichen Sie Plasmide mit pyGenomeViz. Orts-, Zeit-, 'Personen-' und Typendimension visualisiert.
Community
Laden Sie zertifizierte Typisierungsschemata online herunter. Teilen Sie Typisierungsschemata schnell und einfach mit anderen. Tragen Sie optional zum weltweit expandierenden öffentlich verfügbaren cgMLST.org-Server der Allelnomenklatur bei.
Konsortium-Server
Die Funktionalität ermög